海上保安協会は、中央本部を東京に、地方本部を各管区海上保安本部の所在地に置き、さらに、分室及び支部を設けて、海上保安部署（海上保安大学校・学校、羽田基地を含む。）と相互に連携を保ちながら、事業を展開しています。